南通科技职业学院的前身是国立高级农业职业学校，创建于1945年。在近70年的办学历程中，学校历经7次搬迁，先后在重庆、南通、上海、如皋等地办学。经历过国立高级农业职业学校、南通农业专科学校、江苏省南通农业学校、南通农业职业技术学院等时期。2014年10月经江苏省人民政府批准更名为南通科技职业学院。在省、市党委、政府和有关部门的关心支持下，学院坚持“立足三农、服务社会”的办学宗旨，艰苦创业，负重奋进，开拓创新，取得了卓越的办学成就。先后培养了各类人才4万余名，他们中有以昆虫学家、中科院院士印象初，著名水稻专家、中国作物栽培委员会主任、原江苏省副省长凌启鸿，原北京大学副校长周尔鎏，美国EXETER生命科学公司高级科学家和植物育种部主任吕忠进为代表的社会精英，更多的成为生产技术、经营管理骨干和自主创业的典型，为国家农业振兴和经济社会发展，特别是为地方经济发展作出了重要贡献。
 
目前，学院占地面积658亩，建筑面积20.2万m2，资产总值3.7亿元。设有生物工程系、园林园艺系、环境与资源系、机电工程系、经济贸易与管理系、人文科学系、信息工程系、基础教学部、继续教育学院等教学机构，开设专业（方向）59个，各类注册在籍生10000余人，教职工400余人。现有教学仪器设备总值6000多万元，有实验实训室69种93个。建有国家级教育实训基地2个、国家职业教育重点建设专业2个、省示范院校重点建设专业3个、省重点专业群3个、省级特色专业3个、省级实训基地2个、省级精品课程6个、省农村污染防治工程技术开发中心1个、市级重点实验室2个、市级科技平台”4个。图书馆藏书55.8万册。专任教师中，教授14人、副教授80多人，博士、硕士学历（学位）106人，省“333工程”培养对象4人，省“六大人才高峰”资助对象2人，省“青蓝工程”学术带头人和骨干教师8人，南通市“226高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人14人，南通市政府技术顾问2人。
 
学院自1987年开始被连续命名为“南通市文明单位”，1997年开始连续多年被命名为“江苏省文明单位”；并先后获“江苏省文明校园”、“江苏省创先争优·科学发展争一流先进基层党组织”、“江苏省职业教育先进集体”、“江苏省平安校园”、“江苏省安全文明校园” 等称号；2003年被农业部确定为首批“农业职业教育能力建设计划”试点院校；2007年在教育部高职高专人才培养水平评估中被评为优秀学校。2011年获得“江苏省委教育工委高职高专基层党组织建设考核优秀单位”，并被省教育厅、财政厅确立为江苏省示范性高等职业院校建设单位。